Titolata ai Santi Filippo e Giacomo il Minore, fu costruita a partire dal 1264 come chiesa dell’Ordine degli Eremitani di Sant'Agostino, il cui convento si trovava dove ora sorgono i Musei Civici. Lo stile "classicheggiante" è rappresentativo della Padova di età comunale. Nella Cappella Ovetari sono conservate meravigliose opere del pittore padovano Andrea Mantegna. Gran parte dei dipinti, però, andò persa a causa del bombardamento dell’11 marzo 1944: vennero ricostruiti e riesposti al pubblico a partire dal 2006. Dal 2021, infine, la Chiesa è parte del patrimonio UNESCO. All'interno della Chiesa degli Eremitani si custodiscono le spoglie di prestigiosi personaggi, tra i quali vale la pena menzionare la cantante e compositrice seicentesca Barbara Strozzi e il medico e biologo Antonio Vallisneri; inoltre, si conserva oggi anche la tomba del Signore di Padova Giacomo/Jacopo II da Carrara, trasferita in seguito alla distruzione della Chiesa di Sant'Agostino, luogo originario di sepoltura; l'epitaffio è opera di Francesco Petrarca.